ProtGPS是什么?一文让你看懂ProtGPS的技术原理、主要功能、应用场景

来源:卓商AI
发布时间:2025-04-05

ProtGPS概述简介

ProtGPS(Protein Localization Prediction Model)是麻省理工学院(MIT)和怀特黑德生物医学研究所推出的,基于深度学习的蛋白质语言大模型,用在预测蛋白质在细胞内的亚细胞定位。ProtGPS基于分析蛋白质的氨基酸序列,用进化尺度的蛋白质变换器(Transformer)架构学习序列中的复杂模式和相互关系。ProtGPS能预测蛋白质在12种不同亚细胞区域(如核仁、核斑点等)的分布概率,成功指导生成能特异性组装到特定亚细胞区域的新型蛋白质序列。ProtGPS能识别导致蛋白质亚细胞定位改变的致病突变,为理解细胞功能和疾病机制提供新的工具和视角。

ProtGPS的功能特色

预测蛋白质在细胞内的分布:预测蛋白质在12种不同亚细胞区域(如核仁、核斑点、应激颗粒等)的定位概率。

设计具有特定亚细胞定位的蛋白质:生成新的蛋白质序列,特异性地组装到目标亚细胞区域(如核仁或核斑点)。

识别致病突变对蛋白质定位的影响:分析突变对蛋白质亚细胞定位的影响,预测致病突变是否会导致蛋白质分布异常。

ProtGPS的技术原理

基于Transformer的序列学习:基于ESM2(Evolutionary Scale Model 2)架构,一种基于Transformer的蛋白质语言大模型。同时学习输入序列中所有氨基酸之间的关系,捕捉蛋白质序列中的复杂模式和相互作用。

神经网络分类器联合训练:

将ESM2与神经网络分类器联合训练。分类器的任务是根据ESM2提取的特征,预测蛋白质在不同亚细胞区域的定位概率。

训练数据集包括5480个人类蛋白质序列,序列被注释为属于12种不同的亚细胞区域,学习到不同亚细胞区域的蛋白质序列特征。

生成蛋白质序列的算法:为设计具有特定亚细胞定位的蛋白质,用马尔可夫链蒙特卡洛(MCMC)算法。在生成蛋白质序列时,考虑蛋白质的化学空间和内在无序性,确保生成的序列符合自然蛋白质的分布,能特异性地定位到目标亚细胞区域。

致病突变分析:分析致病突变对蛋白质亚细胞定位的影响。比较野生型和突变型蛋白质的定位预测结果,识别那些导致蛋白质分布改变的突变。用信息论中的Shannon熵和Wasserstein距离,用在量化突变对蛋白质定位预测不确定性的影响。

ProtGPS项目介绍

GitHub仓库:https://github.com/pgmikhael/protgps

arXiv技术论文:https://www.biorxiv.org/content

ProtGPS能做什么?

疾病机制研究:识别致病突变对蛋白质亚细胞定位的影响,帮助理解疾病发病机制。

蛋白质工程与药物设计:设计具有特定亚细胞定位的蛋白质,用在开发新型蛋白质药物或生物传感器。

细胞生物学研究:预测蛋白质在不同亚细胞区域的定位,助力细胞内蛋白质功能和相互作用的研究。

基因治疗与基因编辑:设计特异性靶向亚细胞区域的基因编辑工具,提高基因编辑的效率和特异性。

蛋白质功能注释与数据库构建:为蛋白质功能研究提供线索,助力构建更全面的蛋白质功能数据库。

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